為了推動佛學研究的發展，臺大文學院哲學系釋恆清教授推動國內整合性的合作研究，和促進國際的學術交流。特於 1995 年春與臺大多位教授，成立國立臺灣大學文學院「佛學研究中心」 (The Center for Buddhist Studies, National Taiwan University) ，其設立宗旨為：以研究佛學為宗旨，凝聚校內、外從事佛學研究的專家和學者，藉由現代學術研究的方法，對佛學之特質、流變、潛在價值、現代意義等問題進行深入的研究。並明文規定其研究活動內容除學術研究外，則為佛學研究資料之蒐集，因此，於 1995 年成立「佛學網路資料庫」，便積極推展佛學資料庫的籌備工作，廣泛收集國內外佛學文獻資料，建立系統化之佛學文獻資料庫，透過電腦建檔，提供國內外學者、研究人員及相關單位做佛學資料的蒐集。
佛學網路資料庫成立以來，釋恆清法師多方奔走，替此資料庫的發展尋找更多的資源與協助，由於中華佛學研究所主管與佛學網路資訊室同仁的共同努力，終於在 1999 年 10 月，國立臺灣大學校長陳維昭教授與法鼓山中華佛學研究所創辦人聖嚴法師正式締約，擴大佛學網路資料庫的內容及工作範圍，並正式更名為「佛學數位圖書館暨博物館」 (Digital Buddhist Library and Museum) ，繼續原「佛學網路資料庫」的經營與合作事業，從此，臺灣的佛學網路資料庫進入新的里程。
2003 年 4 月 1 日起由國立臺灣大學圖書館接手，館長項潔教授擔任計畫主持人，在既有基礎上持續擴充資料庫內容及服務，並為了與衆多的原典數位化計畫做區隔，將内容重點放在二次文獻（研究論文）之收集，以更有效的服務佛學研究社群。
2009 年由文學院接辦，臺灣大學數位人文中心支援，項潔教授續任計畫主持人，以提升書目質量、致力收錄研究文獻為重要目標。此期間書目量擴增 24 萬篇，累計 410,045 篇，收錄出處超過 13,000 種期刊和資料庫，整理著者資訊並開發｢佛學著者權威資料庫｣，收錄 103,254 位著者，並積極研究新技術，提升搜尋品質，開發嶄新的全文檢索引擎。
「佛學數位圖書館暨博物館」承蒙各單位及諸多學者的支持鼓勵，成立迄今已將近 24 年，收錄書目 410,045 篇，研究文獻全文 64,724 篇，並開發｢全文檢索｣、｢佛學著者權威資料庫｣、｢五語對照關鍵字庫｣、｢主題書目｣……等功能，獲得多方好評。曾榮獲國家圖書館《 2015臺灣漢學研究數位資源選介》｢宗教社會｣類代表網站推薦給國外學者。